台南正統鹿耳門聖母廟「土城仔香」由王爺、媽祖信仰發展而出，俗稱【鹿耳門媽香 五府千歲醮】，具歷史意義與地方特色，近年台南市政府依文化資產保存法第五十九條登錄為「台南市市定民俗」，原本土城並未成香，而是參加西港仔慶安宮的「西港仔香醮」，從西元1856年〈清咸豐6年〉起歲次丙辰，開始出巡整個西港仔堡。慶安宮每三年一科的香醮 ，前來古廟(現聖母廟古廟遺址處)謁祖請水，直到同治年間，廟殿為洪水沖毀後，除於廟址所在地鹿耳門溪請水外，又來土城仔爐主處進香、請火。民國四十七年﹙一九五八﹚戊戌科醮，慶安宮執事別請朝天宮「北港媽」為主醮，仍依往例前來土城謁祖進香，恭請聖駕。當時鹿耳門媽旨示不允前往，然信眾誤解其意，強行抬舉出巡大媽聖駕前去。
俟第三天達境收香案返慶安宮後，鹿耳門媽不肯入駕王府；經西港五大老跪請，聖母顯靈起駕，直衝入王府橫掃後，連夜返駕土城。事後，土城信眾知悉聖母大鬧原因，甚不諒解，仍停止與西港慶安宮的往來，爾後土城仔自行啟建「土城仔香」。從1856至1934年長達27科。1961〈民國五十〉年歲次辛丑，聖母廟凝聚青草崙「蜈蚣陣」、郭岑寮「金獅陣」、虎尾寮「宋江陣」、蚵寮角「白鶴陣」、砂崙腳「八家將」、中洲角「牛犁陣」與鄭仔寮、土城角、港仔西、下什份塭、溪埔仔之地方文武陣頭及曾文溪下游兩岸信眾力量啟建香醮，嗣後每逢丑、辰、未、戍年農曆三月，三年一科的「鹿耳門媽香，五府千歲醮」於焉形成，是謂「土城仔香醮」。
正統鹿耳門聖母廟戊戌科禳災祈安香醮三年一科於當年農曆3月擇日起鼓入醮，三天出巡遶境，遶境範圍包含七股區、安南區、土城本境逾百餘公里，參與香陣單位多達百餘轎陣，每天參與人數近萬，媽祖由廟啟程遶境時會由主委上香祈福並掌轎前行，虔誠信眾人手一炷香，手持小掃帚掃香路，為媽祖神轎開路，沿途鑼鼓喧天，盛況空前，「土城香」一連舉行三天，香陣綿延數公里，十分熱鬧。
土城仔香醮三天遶境時，如果有遇見百足真人(蜈蚣陣)捆廟，不仿稍待一下(通常蜈蚣陣在捆廟後會停駐一些時間)，一定要鑽一下蜈蚣脚間，習俗「躦蜈蚣腳」可以解厄運、帶來吉祥如意，此外砂崙脚八家將也有收驚.解厄的儀式，全台僅有兩陣的白鶴陣，武藝精湛的宋江陣、金獅陣、等精彩熱鬧的百餘陣頭，都將在土城仔香與您相見，科醮期間可辦理拜斗登記，拜斗可使元辰光彩、家庭圓滿和諧，喜慶臨門，壽元綿長，財源廣進，姻緣美滿，身體康泰， 祈求南北斗星君，賜福延生，本命元辰光彩。並可恭請神尊入醮場登記。參與神尊鑑醮，聽經聞法，可增添神的威靈，使神威顯赫，閤境平安，善信康健，同享醮祭舉行而得的福份。
