1643年3月23日的《熱蘭遮城日記》首次以文字提及「鹿耳門」之名，內文擷取如下：「
……視察海堡（Redout Zeeburch）和鹿耳門（Lacquymoy），看到鹿耳門與加老灣（Callewangh）之間那塊沙洲...幾間漁夫的小屋子…
」，可看出1643年鹿耳門所在之沙汕建有漁夫小屋
，
1661年4月，鄭成功的戶官楊英在《從征實錄》中描述：「四月初一黎明，藩坐駕船即至臺灣外沙線，各船魚貫絡繹亦至。辰時天亮，即到鹿耳門線外。本藩隨下小哨，繇由鹿耳門先登岸，踏勘營地。午後，大船齊進鹿耳門。先時此港頗淺，大
䑸船俱無出入，是日水漲數尺……天意默助也。……鎮督虎衛將坐銃船札鹿耳門，……並防北線尾。」此「四月初一」為農曆，換算成陽曆則是4月29日，翌日，熱蘭遮城日誌則記下：
「4月30日，星期六。早晨六點半，那時，是平靜無風而有霧的天氣，我們看見，在西北方，距離北邊泊船處約半哩處，有不尋常的眾多中國戎克船，向鹿耳門下來，顯然，是從中國來的國姓爺的軍隊。」
從兩方記錄看來，鄭成功軍隊已正式由鹿耳門港道進入臺灣，「鹿耳門」從原本「有鐵板沙、淤積難行、海盜與盜賊聚居」的惡地，遂搖身一變成為「改變臺灣命運」的重要水道，而楊英記下的「先時此港頗淺，大䑸船俱無出入，是日水漲數尺……天意默助也……」
這番「天意默助」之說，為鹿耳門建有草廟奉祀媽祖的歷史增加了更多想像空間，鄭成功的軍隊是否真帶有隨船媽祖神像？未有確切文字記錄，但鄭成功確實在鹿耳門受神助、入台擊潰荷軍，建立政權。
