1683年8月，臺灣被納入大清國之版圖。
自十七世紀開始，臺江內海成為進出大員的必經水域，北汕尾沙洲扼守「鹿耳門港道」、「大員港道」這兩條進入臺江內海的航路間，掌握荷蘭、明鄭、清朝入臺的關鍵地位，
「鹿耳門」是其中樞紐，具有地理優勢，加上具有神話色彩、繪聲繪影的「媽祖助水」傳說，
在1684年正式設立官署、成為官方認定的港口，也為興築官建廟宇「鹿耳門媽祖宮」埋下重要的因緣。
鑒於鄭成功、施琅都是從鹿耳門港道入臺，1684年（康熙23年）臺灣納入清朝版圖後，清廷對於「鹿耳門」開始重視，設立「鹿耳門汛所」（即「海防廳署」），清查往來船隻。郁永河在
《裨海紀遊》中提到鹿耳門的景況：
迎岸皆淺沙，沙間多漁舍，時有小艇往來不絕。望鹿耳門，是兩岸沙角環合處；門廣里許，視之無甚奇險，門內轉大。有鎮道海防盤詰出入，舟人下椗候驗。
可見他來到鹿耳門時也必須讓鎮道海防「盤詰」一番。高拱乾在《臺灣府志》中有對軍備有更清楚的記載：「輪防鹿耳門汛（係報部三營官兵按月輪防）：千總一員、步戰守兵二百名，其後清廷於此陸續增兵、修築砲臺，王禮於《臺灣縣志》中記錄：
鹿耳門：炮臺二座。康熙五十六年奉文築造，安炮十位。水師三營輪撥千總一員，帶兵防守，墩臺三座，望高樓一座。
[1] 郁永河（1698），《裨海紀遊卷上》，頁18。
