最早可以證明「鹿耳門」有「媽祖宮」的歷史證據，是康熙年間繪製的兩幅地圖：康熙年間（1684-1722間）完成之《臺灣地里圖
[1]》（圖2-7），以及1699至1704年間完成的《康熙臺灣輿圖
[2]》（圖2-8）。目前尚難確析兩圖的正確繪製年代孰先孰後，但兩圖皆細微地描繪了清初臺灣從北到南的地形、行政、兵備部屬、城鄉樣貌，最值得注意的是兩圖都有在北汕尾嶼的北端、鹿耳門地區繪出「媽祖宮」，位置、造型也大同小異，皆是黑瓦白牆，但《臺灣地里圖》標示「媽祖宮」，《康熙臺灣輿圖》則僅寫「媽宮」。就圖中資訊看來，《臺灣地里圖》有可能略早於《康熙臺灣輿圖》，因為前者在「媽祖宮」旁雖有官兵與有另一個白色建築，卻未標出「鹿耳門汛」，《康熙臺灣輿圖》卻有標明「鹿耳門汛館」以及砲臺，也許可以視為「鹿耳門媽祖宮」在設立「鹿耳門汛」以前即已存在於鹿耳門岸邊的證據。
這兩圖可證明在清領臺灣初期，「鹿耳門媽祖宮」便已存在於鹿耳門，並且必定為當地信仰中心、具有完備建築規制、受到軍民重視，才會被繪入如此重要的輿圖之中。由《康熙臺灣輿圖》可推知至少於1704年前「媽祖宮」即位於鹿耳門汛館西側，王禮《臺灣縣志》則將「鹿耳門媽祖宮」的層級向上推升，內文記述：「
在鹿耳門，媽祖廟，康熙58年（1719）各官捐俸同建。前殿祀媽祖、後殿祀觀音，各覆以亭。兩旁建僧舍六間，僧人居之，以奉香火，董其事者，經歷王士勷也。
[3]」這不但是「鹿耳門媽祖宮」首度在正史中登場，更可確知「鹿耳門媽祖宮」是由「各官捐俸」同建之「官建廟宇」，較一般地方庄頭廟有更重要的地位，鎮守在鹿耳門港旁的樞紐位置，與官兵一起維護往來船舶之安全。
[1] 《臺灣地里圖》康熙年間繪製，正確年代不詳，由美國國會圖書館（Library of Congress）典藏，收錄於《綜覽臺江：大員四百年輿圖》（臺江國家公園管理處出版，2010，頁56）。
[2] 《康熙臺灣輿圖》繪製於清康熙年間，約莫1699-1704年完成，單幅彩繪卷軸臺灣全圖，現藏於國立臺灣博物館。
[3] 王禮（1720），《臺灣縣志》，頁286。
