關於本廟

臺灣是受板塊擠壓而自海底隆起的島嶼，地形相對年輕、地理環境尚未穩定，易受自然條件影響。四百年前臺江雖為一片廣闊內海，但，位於西南部六條河流匯流入海的關鍵位置，或許註定難逃陸化的命運。
    荷蘭時期仰賴的大員港道（安平），於明鄭時期開始淤塞，使鹿耳門港道成為最重要的水路命脈，但清領之後，鹿耳門港道亦有淤積之象，曾文溪（時名為灣裡溪）每遇大雨即氾濫，有如有「青暝蛇」般亂竄，終於在道光3年（1823） 7月的一場大風雨後，溪水夾帶大量泥沙，改道篡流向鹿耳門，臺江內海一夕之間為土石所淤，鹿耳門沙洲則變為大片陸地。
    姚瑩於道光9年（1829）撰寫之《東槎紀略》其中的〈籌建鹿耳門炮臺[1]〉一文，對於海陸變化有多段敘述：
道光三年七月，臺灣大風雨，鹿耳門內，海沙驟長，變為陸地。……今則海道變遷，鹿耳門內形勢大異。上年七月風雨，海沙驟長。當時但覺軍工廠一帶沙淤，廠中戰艦不能出入；乃十月以後，北自嘉義之曾文、南至郡城之小北門外四十餘里，東自洲仔尾海岸、西至鹿耳門內十五、六里，瀰漫浩瀚之區，忽已水涸沙高，變為陸埔，漸有民人搭蓋草寮，居然魚市。自埔上西望鹿耳門，不過咫尺。……現際春水潮大，水裁尺許，秋冬之後，可以撩衣而涉。自安平東望埔上魚市，如隔一溝。昔時郡內三郊商貨，皆用小船由內海驟運至鹿耳門，今則轉由安平大港外始能出入。目前如此，更數十年，繼長增高，恐鹿耳門即可登岸，無事更過安平。」
    綜上所述，可理解此時港道已淤積無法通行，船隻須轉由安平港外出入。 而姚瑩本篇論述中亦提及古鹿耳門媽祖宮彼時地理歷史概況：
康熙年間鹿耳門舊有炮臺，其後不知何時傾失，遂未再建。而鹿耳門重地，獨無炮臺之設……推原其故，蓋以鹿耳門口水勢浩漫。說者皆謂南北二線，海上浮沙，易於陷沒，不能建設炮臺……然南線舊建天后宮已百餘年，其左右文武二館，為臺防同知安平中右營員稽查商船出入掛驗之所，至今未見淪陷。……其鹿耳門南線天后宮，請先建築砲臺，圍以土堡，使巡防鹿耳門之兵有所據依，以堡衛兵，以兵衛砲，然後鹿耳之險庶乎可據。[2]
    雖然姚瑩認為「南線舊建天后宮已百餘年，其左右文武二館，為臺防同知安平中右營員稽查商船出入掛驗之所，至今未見淪陷」，但天有不測風雲，1823年的水災僅使得臺江內海陸浮、港道淤損，並未毀壞古媽祖宮，但道光、咸豐年間臺江陸化，地理環境變得極不穩定，每逢大風雨便常有嚴重水患，使古鹿耳門媽祖宮陷入危險之中。
    道光11年（1831）曾文溪再度氾濫，《廈門志》記載：「道光11年7月……鹿耳門沙線改易，南風不能泊，多失事。[3]」古媽祖宮遭受水淹，廟基傾圮、廟壁龜裂，幸而神尊無礙，三郊公局與鹿耳門居民立「箕水豹[4]」神碑於廟埕，藉以鎮水，並舉行「鹿耳門祭江」。據《臺南土城正統鹿耳門聖母廟廟誌》內述，此時(1831)已先將部分古廟神祇由時任三郊鹿耳門事務總管郭光藩與鹿耳門信眾數十人以竹筏護送至三郊所屬的府城鎮港海安官暫時疏遷，是謂「海安宮寄佛」[5]。正確寄佛時間，經訪談海安宮管理委員會，得知文字記錄因1945年戰爭因素損毀，但海安宮執事代代口傳，古鹿耳門媽祖宮之神祇由土城人護送至海安宮寄佛，寄有八十七載[6]，故可推算寄佛年代亦為1831年（1918年迎回土城）。
     咸豐5年（1855）臺灣總鎮府邵連科與曾元福等官員暨三郊公局等商賈捐資重建古媽祖宮，立有重興天后宮碑記（圖2-15），根據碑文上的捐款資料，可知捐款者有官員與郊商，又以「三郊公局」出資最多。據耆老口述，此時古廟內僅留下鄭成功隨船媽祖「開基媽」、「文館銅座三媽」聖母神像以及內爐、外爐於廟殿內外，其餘神尊已移駕海安宮，原本於春秋二季舉辦的「鹿耳門普渡」、「鹿耳門祭江」，則由三郊公局移至府城水仙宮舉行，於每年七月十四設水路道場進行莊嚴普渡，謂之「鹿耳門祭普」，又稱「水仙宮寄普」。    
    同治10年（1871）七月，曾文溪氾濫的洪流再度進逼古鹿耳門媽祖廟，據耆老代代口述傳說，當時洪水已包圍整個廟埕，唯獨正殿內仍無水，但信徒不忍媽祖落難，將媽祖神尊請出，媽祖離開神殿的片刻間，洪水將古廟整個沖毀……此後，相傳「開基媽」暫由土城聚落五角頭輪值奉祀；「文館媽」暫寄鄭仔寮奉祀，與海安宮的百餘尊神尊，開始寄居於其他廟宇的數十載歲月。