《正統鹿耳門聖母廟沿革誌》載述「百年王船歷史」：
日治時期大正2年（1913）夏，福建湄洲島送放一艘五王（李、 池、吳、朱、范五府王爺）船，隨風飄至澎湖媽宮海靈殿前海岸停泊，經當地信眾迎請上岸祭拜，祈求永遠奉祀。然船上王爺乩示，係承鹿耳門媽之邀，前往臺灣助佑萬民，無法駐留。媽宮信眾乃啟建七朝清醮，懇留一座香爐護佑（此座香爐迄今仍供奉於海靈殿）， 然後送歸大海。7月中，土城仔漁民於港仔西西平湖（後稱王船港仔）外線湖仔海面發現此艘王船，眾人以乏力奉祀，爰將王船推向外海，冀其轉往他處。翌日晨，卻見王船飄回至中湖停泊；眾人再以竹筏拖引王船至外海。第三日又進，漁民再推。如是三進三推， 至第四天夜又進，漁民耳聞管絃鼓樂之聲，望見王船燈火輝煌，恍如巨艦之橫鎮中湖，艦上隱約有水兵操練之情景；漁民驚異，不敢再行外推。時鄭仔寮居民奉祀之文館三媽，突起乩示謂：該王船係應鹿耳門媽之聘而來，宜以大禮迎進奉祀。土城仔信眾乃演戲三天，並舉行上山祀儀，虔敬恭迎王船，是謂「五王上山」。五王船上奉祀有五府王爺神像各一尊、湄洲聖母一座三尊、統兵元帥爺一尊、管船大王一尊、過水大夫人一尊、夫人媽五尊、打頭將一尊、打波將二尊、侍衛將士三十六尊、七王爺一尊（後為青鯤鯓信眾迎請奉祀）。
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1913年啟建、1918年落成的二建「鹿耳門聖母廟」，香火更盛，原本狹窄的廟口又毗鄰市場，終日擠得水洩不通、造成交通困擾，
便於1976年由天上聖母鹿耳門媽、五府千歲與西天佛祖「踏廟地」，則選出現今位址，再建新廟。
[1] 鹿耳門史蹟研究會（2001），《正統鹿耳門聖母廟沿革誌》，頁60-61。
