關於本廟

台南土城鹿耳門聖母廟，現仍依照1975年的設計圖，為南北四進的大型廟建築，但至今僅建完三進，尚未完全竣工，2015年增建兩尊未在設計圖上之巨型千里眼、順風耳神將，2021年則依設計圖於廟殿前新建牌樓。（圖4-37、4-38）
    廟殿仍維持三進，規制概述為：
    第一進，五王殿，乃單簷歇山的建築形式，左右兩側為東簷攢八角尖之鐘鼓樓；第二進，媽祖殿，重簷歇山，中央空間挑高數層，立有八大紅柱，細部裝飾精巧；第三進，佛祖殿，為三重簷歇山之大宮殿，其上有大士殿、凌霄寶殿、元辰殿；兩側廂樓以迴廊相接、琉璃瓦簷相連，東廂樓為辦公室、香客休息室、多功能教室，西廂樓有文物展覽館、藝文展覽室、會議室；四周由護城河圍繞，護城河外建有香客大樓，因為北方式樣建築，與傳統臺灣廟宇頗有不同，因此也常給予外人「新穎」、「新廟」之感，其實從完工年代至今，三建的土城鹿耳門聖母廟已40年的歷史。
    廟內奉祀的神祇，依神殿的先後次序依序介紹，但因「正統鹿耳門聖母廟」的「媽祖信仰」歷史悠久，且包容度高、複雜度甚於一般媽祖廟，故將「媽祖殿」的媽祖，依據沿襲自「鄭成功」、「古鹿耳門媽祖宮」、「王船」三個時期、三種體系流傳下來之歷程與源流，進行簡單說明，另附錄於本論文後（附錄二[1]）。
    「五王殿」，正中神龕奉祀五府千歲，乃由1913年乘王船的李、池、吳、范、朱五位千歲爺綢仔身化入重塑之神尊，上層神龕為水仙尊王、管船大王，下層神龕各為將軍府將爺、境主公，座前衛祀盧清將軍、韓德將軍。五王殿虎邊則有百餘年歷史的王船，當年載有五府千歲稠仔身、銅雕湄洲媽祖三尊、統兵元帥、管船大王、過水夫人、打頭將軍（手拿鐵鎚，立漁船頭，負責打大浪）各一尊，打波將軍兩尊（立於船的兩側，負責打船兩側的波浪）、侍衛將士（阿班爺）三十六尊。值得一提的是五府千歲也由五尊「夫人媽」陪同而來，現在這五尊夫人媽奉祀在五府千歲旁[2]。
    「媽祖殿」，主祀天上聖母。上層神龕中央的「鹿耳門媽祖」亦稱「鎮殿大媽」，是與真人等高的軟身神像，鎮殿大媽左右各為出巡大媽、鎮殿二媽，鎮殿大媽與二媽皆為「古鹿耳門媽祖宮」之鎮殿神衹，自古廟傾頹後與當時廟內百餘尊神祇共同送至海安宮寄佛，1918年才迎請回土城，「出巡大媽」曾為「替身媽祖」，其中緣由於本章第一節有詳細介紹。兩側神龕則分別是文館三媽、武館三媽，其中武館三媽又稱「國姓媽」、「銅座三媽」、「五角頭媽」，耆老口傳其為鄭成功隨船媽祖，古廟傾頹後未寄佛，而輪值於土城地方角頭奉祀，是珍貴的古神尊。下層中央神龕為安座天上聖母與湄洲媽，左右則為福德正神、註生娘娘。
    「佛祖殿」，供奉釋迦牟尼佛、文殊菩薩、普賢菩薩，側邊為太歲殿，侍奉六十甲子歲神中的值年太歲。佛祖殿上方二樓為大士殿，供奉千手千眼觀世音菩薩，左廂佛龕為南海觀世音，右廂則為普庵祖師，中龕前有韋馱護法、迦蘭尊者，值得一提的是左右大殿中央神桌的龍虎兩側，供奉自古廟時期、保安宮時代開始奉祀的十八羅漢神尊，年代約一百至三百年不等，雕工優美、古樸莊嚴。
    位於佛祖殿三樓的「凌霄寶殿」，主祀玉皇上帝、三官大帝、呂關張三恩主、南斗星君、北斗星君、張天師、普化天尊、王天君、南極仙翁、月下老人，並有「元辰殿」，奉祀眾星之母─斗姥元君，以及六十甲子太歲星君。
    目前與「鹿耳門聖母廟信仰與文化」相關之民俗活動，有三處獲登錄為「臺南市定民俗」，分別是聖母廟獨立成香之香醮「土城仔香[3]」、反映地方生活文化特色的春節活動「土城仔迎春牛[4]」，以及「土城香」之重要武陣「土城蚵寮角宋江白鶴陣[5]」。